Наряду с индивидуальными выплатами бывшим жертвам национал-социализма в соответствии с Законом об учреждении Фонда денежные средства были выделены и на гуманитарные программы.

К их числу относились Гуманитарный плафон JCC в пользу преследовавшихся при национал-социализме евреев, Программа помощи преследовавшимся при национал-социализме лицам цыганской национальности, осуществленная МОМ, и гуманитарные выплаты из „страховой программы“ ICHEIC.
Выплаты в связи с подневольным трудом, за прочий ущерб, причиненный личности, и имущественный ущерб производились с учетом пережитого получателями, но не их нынешнего социального положения. Гуманитарные программы обеспечивали и обеспечивают оказание помощи в первую очередь нуждающимся бывшим жертвам национал-социализма.

С завершением выплат и наступлением срока утраты правомочия на их получение у партнерских организаций остались средства, которые были предусмотрены для индивидуальных платежей, но не смогли быть выплачены. Объяснялось это, в частности, смертью заявителей и отсутствием у них наследников или тем, что заявители сменили место жительства, и найти их не удалось. Эти не израсходованные средства тоже используются сейчас партнерскими организациями для гуманитарных проектов.

Остаток средств из программы выплат подневольным работникам и не затраченные Фондом и партнерскими организациями на административные расходы средства используются ими на гуманитарные и медицинские проекты в пользу особенно нуждающихся жертв национал-социализма.

Еще в 2005 и 2006 гг. полученные Федеральным фондом проценты и частное пожертвование в размере 10 млн. евро были распределены между партнерскими организациями для осуществления гуманитарных проектов, которыми было охвачено более 20.000 жертв национал-социализма. Имеющийся на сегодняшний день остаток средств позволит продолжать эту работу до середины 2008 г., она поможет облегчить жизнь еще более чем 100.000 человек.

В рамках гуманитарных проектов особенно нуждающиеся или больные жертвы национал-социализма получают путевки для санаторно-курортного лечения, охватываются другими реабилитационными мерами или же оперируются. Некоторые партнерские организации используют остаток средств на социальные дотации или возмещение затрат на медикаменты. В небольших мерах помощи еще раз выражается признание зачастую охарактеризованной преследованиями, трудной судьбы жертв в период национал-социализма и являющихся ее следствием страданий. В частности в странах Центральной и Восточной Европы, где поколение пожилых нередко живет в условиях материальной нужды и в рамках существующих систем здравоохранения получает мало помощи, такая гуманитарная помощь часто необходима.